上海商业秘密律师网保密工作部门的职责是主管保守国家秘密工作的，商业秘密的保护是企业自身的行为，由企业自行决定。但在商业秘密的保护上，保密工作部门可以发挥建议、指导和服务的作用。
第一，中央保密委员会和国家保密局有要求。中共中央保密委员会主任任建新同志在1995年12月27日召开的中央保密委员会第四次会议上讲：新形势下的保密工作遇到许多新情况和新问题，既要确保国家秘密不被泄露，又要有利于扩大开放和发展经济，要划清国家秘密与非国家秘密的界限，协调好保守国家秘密与保护工作秘密和商业秘密的关系，该保的要坚决保住，该放的要坚决放开。国家保密局1996年保密工作要点指出：各级保密工作部门，要研究、协调和指导商业秘密、工作秘密的保护工作。
第二，保密工作部门有丰富的保守国家秘密的经验，可以指导保护好商业秘密工作。各级保密局长期从事保密工作，积累了一整套保守国家秘密的经验，如界定国家秘密的方法、保守国家秘密的规章、制度，保密措施和保密技术手段等，这对保护商业秘密都是适用的，可以借鉴的。
第三，保密工作部门有一支很强的保密工作队伍，能够做好保护商业秘密的工作。由于党和国家十分重视保密工作，从中央到地方已建立了四级（中央、省、地、县）保密组织网络，配备了一定数量的人员，通过业务培训，这支保密干部队伍政治素质和业务素质较高，有力量、有能力指导好保护商业秘密的工作。
第四，为企业培训保密人员。保密工作部门实行保密人员经培训持证上岗制度，经管商业秘密的人员（在企业应与经管国家秘密的人员合一）同样可以接受培训，使之掌握有关知识、技能和操作程序，以利对商业秘密的有效保护。
事实上有很多企业已要求保密工作部门为他们讲课，指导他们建立商业秘密保护机制。近两年在北京、天津市已有几十个单位在市保密局指导下作了这项工作。
第五，支持企业寻求司法保护。企业的商业秘密权益一旦受到侵害，保密工作部门可以指导企业整理材料，搜集证据，使企业能够通过工商行政管理部门或人民法院获得经济赔偿，追回经济损失。