上海商业秘密律师网企业的正当商业秘密权利被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门寻求法律保护，主要有以下四种途径：
第一，向仲裁机构申请仲裁解决。
企业的商业秘密被侵犯，如果此前企业与侵权人之间签订了合同，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《仲裁法》向双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。切记，没有仲裁协议的，不能申请仲裁。有仲裁协议的，不能向人民法院起诉。仲裁实行一裁终局制度。裁决作出后，不能就同一纠纷事件再申请仲裁或向人民法院起诉。不过，如果当事人有证据证明没有仲裁协议、裁决事项不属于仲裁协议范围、仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭组成或仲裁程序违反法定程序、裁决所依据的证据是伪造的、对方当事人隐瞒了足以影响公正裁决的证据、仲裁员有不法行为等情况，可以仲裁委员会所在地中级人民法院申请撤销裁决。
企业与职工(包括离职的)之间因商业秘密引起的纠纷或签订劳动合同的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《劳动争议处理条例》向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是必经程序。对仲裁裁决不服的，可以在十五日内向人民法院起诉。
第二，向工商行政管理部门投诉。
我国反不正当竞争法第三条规定：县级以上人民政府工商行政管理部门负责对不正当竞争行为进行监督检查。对侵犯商业秘密的，工商机关应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。
企业的商业秘密被侵犯后，可以向县级以上工商机关投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。工商机关的处理周期短，可以快速制止侵权行为，而且不收费，成本低。但是，工商机关只对侵权人进行行政处罚，不对侵权赔偿作裁定，只进行调解。不过，工商部门制作行政处罚决定书后，权利人可以根据处罚决定书向法院起诉，要求侵权人给予赔偿，行政处罚决定书具有法定的证据效力。
第三，向人民法院提起民事诉讼。
根据《民法通则》、《合同法》、《反不正当竞争法》、《民事诉讼法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院提起民事诉讼。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
第四，刑事诉讼程序。
侵犯商业秘密的行为如果十分严重，就会构成犯罪。根据刑法规定，侵犯商业秘密的犯罪行为，给商业秘密权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处或单处罚金;造成特别严重后果的，处3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。刑事诉讼程序中包含三种诉讼程序，即公诉程序、自诉程序和附带民事诉讼程序。
侵犯商业秘密行为构成犯罪时，权利人应向公安机关报案，由公安机关立案侦查，侦查终结的案件，移送同级人民检察院，检察院认为事实清楚、证据充分，应该追究刑事责任的，向同级人民法院提公诉。
对于犯罪行为尚未对社会秩序和国家利益造成严重危害的案件，权利人可以自行向法院提起刑事自诉。
在刑事公诉或自诉程序中，权利人可以提起附带民事诉讼，要求被告人赔偿自己遭受的损失。
权利人在请求保护中的权利和义务
1.权利人在请求保护中的权利
停止、防止侵害请求权
即请求侵权人停止侵权，并防止侵权继续发展的权利，主要包括五个方面的内容：一是有权要求侵权人停止侵权行为;二是有权要求侵权人将载有权利人商业秘密的图纸、软件及其他资料返还或销毁;三是有权要求销毁适用权利人商业秘密生产的、流入市场将会造成商业秘密公开的产品;四是在工商部门进行调查之前，或调查过程中，如果权利人认为被申请人违法披露、使用、允许他人使用商业秘密将造成不可挽回的损失，可以向工商机关出具自愿对强制措施后果承担责任的书面保证，请求工商机关责令被申请人停止销售使用权利人商业秘密生产的产品;五是要求侵权人保守商业秘密的权利。
损害赔偿请求权
及要求侵权人对权利人造成的损失进行赔偿的权利。赔偿数额以权利人实际遭受的损失为准，权利人的损失难以计算的，赔偿数额为侵权人在侵权期间因侵权行为所取得的利润。
同时，权利人还可以要求侵权人承担因调查该侵权行为所支付的合理费用，包括差旅费、律师费等。
其他合法权利
另外，权利人还有权要求侵权人赔礼道歉、消除影响，有要求不公开审理的权利，在庭审中有申请保全措施的权利，构成犯罪的，有权要求追究侵权人的刑事责任。
2.权利人在请求保护中的义务
权利人的主要义务是为自己的主张、请求提供证据的义务。
首先，要证明自己是商业秘密的合法权利人，可以是所有人，也可以是被许可使用的人。
其次，要讲清楚自己要求保护的商业秘密是什么，否则执法机关无法认定和裁判。有些权利人经常不愿透露其商业秘密，只讲一些非实质性的要点，往往会导致对权利人不利的认定和裁判。
再者，要证明被申请人所使用的信息与自己的商业秘密具有一致性或者相同性。
最后，要证明被申请人有获取其商业秘密的条件或可能，比如曾是自己公司的员工，曾有过合作关系等都可以证明侵权人有获取商业秘密的条件或可能。这里权利人只需要证明被申请人有侵权的可能性即可，如果被申请人不能提供其所使用的信息是合法取得或者使用的证据，执法机关就可以根据有关证据，认定被申请人有侵权行为。